Madrasah Ibtidaiyah Darunnajah Sekarputih merupakan salah satu lembaga formal yang diselenggarakan oleh Yayasan Ponpes Darunnajah Sekarputih Bondowoso dengan SK.Menkumham RI no.  Ahu - 0005318 . ah . 01 . 04 . tahun 2017 berdasarkan Akta Yayasan no. 02 tanggal 09 Maret 2017 dibawah naungan Kementerian Agama Republik Indonesia pada tahun 2018 dengan bukti dikeluarkannya Piagam Ijin/Operasional Madrasah Nomor: MIS / 11.0116 / 2018 dengan Nomor Statistik Madrasah (NSM) 111235110116 oleh Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Propinsi Jawa Timur pada tanggal 6 Juni 2018

MI Darunnajah terletak di lingkungan Ponpes Darunnajah yang beralamat Jl. Sekarputih Indah no. 1A RT03 RW 01 Kelurahan Sekarputih Kecamatan Tegalampel Kabupaten Bondowoso yang berdiri diatas tanah wakaf seluas 6.488 m2.

Ketua Yayasan Ponpes Darunnajah KH.Sja'roni, S.Ag sejak tahun 2017 memprakasai berdirinya MI Darunnajah setelah melakukan rapat bersama anggota yayasan dan tenaga ahli dibidang pendidikan guna memulai lembaga formal di dalam Ponpes Darunnajah.

Gagasan pendirian MI akhirnya diputuskan setelah di dalam beberapa sebelumnya format awal pendidikan formal di Ponpes Darunnajah adalah berbentuk MTs, mengingat kebutuhan kelas yang tidak banyak, sumber daya lulusan SD di sekitar kelurahan sekarputih yang melimpah, siswa didik yang relatif sudah bisa membaca dan menulis.

Ilmi Faidhullah Masrur, S.Pd.SD ditunjuk oleh Yayasan untuk menjadi kepala madrasah di awal pendiriannya, bersama 5 guru profesional lulusan S1 pendidikan dan 2 tenaga kependidikan (TU) serta 3 ustadz ustadzah tilawati memulai tahun ajaran 2018/2019 pada bulan Juli 2018 dengan peserta didik kelas 1 sebanyak 26 siswa dari 30 siswa yang mendaftar dari lingkungan RA sekitar Kecamatan Tegalampel dan Kota.